Det Jordbrugsvidenskabelige Fakultets syv institutter består af:

Genetik og Bioteknologi udforsker det underliggende genetiske og fysiologiske grundlag for egenskaber hos dyr og planter.

Havebrugsproduktion forsker i vegetabilske fødevarer, der skal give ny viden om produktion og kvalitet af frugt, grøntsager og prydplanter.

Husdyrbiologi- og sundhed forsker i fodersammensætning og -kvalitet, husdyrenes ernæring samt fordøjelses-, vækst- og laktationsfysiologi, reproduktion, immunologi, sygdomsmekanismer, biomarkører, sygdomsforebyggelse, dyrenes adfærd og tilpasningsevne, stressbiologi, produktions- og sundhedsstyring samt produktions- og sundhedsøkonomi.

Jordbrugsproduktion og Miljø arbejder med jordbrugsproduktion og driftsledelse rettet mod rådgivningen og primærproducenten, samt analyser på bedrifts-, regionalt og nationalt niveau rettet mod myndighederne.

Biosystemteknologi har til opgave at forske i og udvikle teknik til jordbruget med fokus på brug af højteknologi.

Plantebeskyttelse og Skadedyr har til formål at medvirke til en effektiv og miljøacceptabel forebyggelse og bekæmpelse af ukrudt og plantesygdomme samt skadedyr i plante- og husdyrproduktionen, i fødevareindustrien og i samfundet i øvrigt.

Fødevarekvalitet har til formål at øge den grundlæggende forståelse af faktorer af betydning for fødevarekvalitet med henblik på at målrette denne til gavn for konkurrencedygtig, bæredygtig og sikker produktion af efterspurgte fødevarer af høj kvalitet.

Fakultetet består endvidere af et fakultetssekretariatet , som varetager sekretariatsfunktion for institutionens ledelse i administrative og faglige anliggender. Desuden stilles driftsfaciliteter og ydelser til rådighed for DJFs øvrige enheder. Den interne og eksterne kommunikation om forskningsaktiviteter hos DJF er også forankret i sekretariatet.